Една од стратешките определби на Фондот за здравствено осигурување е имплементирање на систем за електронско работење, воведување нови електронски услуги и комплетно исфрлање на хартијата oд секојдневното работење. ФЗОМ има склучено договори за соработка со 3231 правен субјект, јавни и приватни здравствени институции во Република Македонија.